Zwei Wochen sind natürlich relativ kurz, um sowohl viel vom Land, einiges von Bangkok und noch mehrere Tage am Strand zu erleben. Ihr werdet also auf jeden Fall Kompromisse eingehen müssen.
Zum Thema individuell oder pauschal will ich nicht viel schreiben. Wer schon Erfahrung mit individuellem Reisen hat, eventuell sogar schon mal irgendwo in Asien war, für den ist Thailand sicher kein Problem. Ich kann aber auch verstehen, wenn man zumindest während der ersten Tage ein bisschen Sicherheit in Form einer vororganisierten Tour hat.
Fangen wir mal mit dem Flug an. Wenn Euer Ende März / Anfang April noch außerhalb der Osterferien liegt, könnte es da Chancen geben, dass es für diese Zeit Specials geben wird. Diese werden aber vermutlich erst nach Weihnachten veröffentlicht. Im Dezember buchen dürfte daher - nach den Erfahrungen der letzten Jahre - eher ungünstig sein. Vermutlich kommt da noch etwas im Januar oder Februar.
Flüge buchen ist immer auch ein bisschen Glückspiel und Spekulation. Wer länger wartet, kennt alle Schnäppchen - oder steht am Ende ohne Flug (oder eben einen entsprechend teuren) da. Am besten dürfte es sein, sich selbst ein Limit zu setzen (z.B. unter 600 EUR) und dann sofort buchen, wenn etwas entsprechendes verfügbar ist.
Ein guter Tipp ist auch, genau 2 Wochen vor dem Abflug nach Restplätzen zu schauen. Aber hier ist der "Glückspielfaktor" natürlich besonders hoch...
Für mehr oder weniger individuelle Touren wird häufig
Green Mango genannt. Ich selbst habe mit ihnen keinerlei Erfahrung, aber im Forum gab es schon viele positive Berichte. Dort gibt es Tagestouren in BKK als auch Rundreisen durch's Land. Vor Ort gibt es natürlich unzählige Touren, die man dort in jedem Reisebüro buchen kann. Im Prinzip sind das die gleichen oder ähnliche Touren, die man auch hier bei Spezialreiseveranstaltern als Tour-Bausteine buchen kann.
Wer Interesse an internationalen Gruppen hat, dem kann ich
Intrepid oder
Imaginative Traveller empfehlen. Dort gibt es viele verschiedene Trips von wenigen Tagen bis zu vielen Wochen. Die Mitreisenden sind international und die Gruppensprache ist Englisch - weshalb auch die Mehrzahl der Kunden aus den englischsprachigen Ländern kommt. Es sind max. 12 - 18 Personen pro Trip. Die Unterkünfte sind meist einfach, aber sauber und Transport ist zumeist mit öffentlichen Bussen oder angemieteten Tuk-Tuks, etc - also kein Luxus, sondern "gemäßigtes Abenteuer"
Sollte so etwas für Euch interessant sein, dann schaut Euch z.B. mal
A Taste of Thailand an. Da es eben gerade nicht die Haupt-Touri-Ecke ist, könnte so etwas ganz interessant sein.
Meine Empfehlung wäre also, so einen Trip gleich zu Beginn (dann ist man die ersten Tage gut aufgehoben). Am Ende des Trips direkt per Flug (bei der kurzen Zeit würde ich auf jeden Fall fliegen) nach Phuket oder Samui und von dort aus 4 Tage auf einer Insel (dafür gibt es sicher bessere Ratgeber als mich) verbringen und am Ende noch 2-3 Tage Bangkok dranhängen.
Als Unterkunft in BKK in der Khao Sarn-Gegend empfehle ich immer das Siam II oder Siam Riverside. Siam II so um die 800 THB, 5-10 Min zu Fuss bis zur Khao Sarn. Siam Riverside nur 50 m vom Siam II entfernt. Ca. 1200 THB, dafür etwas besser und Frühstück dabei (wer das möchte). Hotels liegen verkehrsgünstig (z.B. 5 Min zum Rivertaxi, Grand Palance zu Fuß erreichbar, ...) und sind sehr angenehm.